在組織學實驗室中，水無處不在。它用于水浴，浮浴以及實驗室中存在的大多數自動化儀器（染色機，組織處理器等）中。質量差的水可能會生成硬質沉積物或細菌生物膜，從而可能干擾這些儀器的正常運行。此外; 由于水是組織學實驗室制備的許多試劑的主要成分，因此水污染物可能會干擾zui終載玻片的質量。
組織學中使用了許多不同的染色劑，每種都有獨特的特性。不幸的是，文獻中沒有具體描述可能干擾每種類型污漬的特定污染物。因此，大多數組織技術人員在解決染色問題時都依賴偶然性和經驗。另外，組織學程序涉及自來水，去離子水或蒸餾水的使用，這使人們對選擇哪種類型的水感到困惑。
水的質量可能會影響試劑質量和染色過程。劣質的水可能導致污漬沉淀（如銀色污漬），或降低其化學穩定性。染色反應基于各種基本化學反應，例如酸堿化學或氧化還原。因此，可能會干擾這些反應的化學污染物可能會改變染色質量。zui終染色可能更淺，或者相反，可能會有更高的背景或非特異性結合。也可能獲得錯誤的顏色或特異性。
使用純凈水可以可靠地降低水污染物干擾染色過程的風險，并確保染色機和組織處理器正常工作。
以下水污染物可能會影響組織學：
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自來水中經常存在的氯會對各種類型的污漬產生漂白作用。
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眾所周知，諸如鈣和各種金屬之類的離子會干擾各種污漬（銀污漬等）。例如，如果水中的氯化物含量過高，則會形成AgCl沉淀物。
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有機物：如果水中含有大量有機分子和其他營養物，細菌和霉菌可能會在水浴和組織漂浮浴，染色機和組織處理器管內部以及溶液中生長，并可能在載玻片上產生偽影。
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細菌：用于水浴和制備溶液的水應避免細菌污染。細菌及其副產物可能會粘附在組織切片上，并在載玻片上產生偽影。
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顆粒：用于水浴和制備溶液的水應不含顆粒。顆粒材料可能粘附在組織部分上，并在載玻片上產生偽影。它們還可能在儀表管線內形成沉積物并改變其功能。
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硬度和二氧化硅：水硬度和二氧化硅可能會在染色機和組織處理器的內部形成沉積物并改變其功能。這些水污染物也可能沉積在組織和載玻片上。
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pH值：盡管嚴格意義上講pH值不是水污染物，但由于存在不同的水污染物，它可能會發生變化。某些污漬對pH高度敏感，例如阿爾辛藍或三色。通過盡可能減少水中離子和有機酸的含量，可以使水的pH值保持在7附近。
